données de cancer pédiatriques du foie pour combattre la résistance au traitement (pelican.resist)

contexte médical et scientifique les tumeurs du foie représentent 1 % des tumeurs de l'enfant. malgré des traitements combinant chimiothérapie et chirurgie, des résistances peuvent survenir et près d'un enfant sur quatre ne peut être sauvé. ces tumeurs étant rares, il est difficile d'étudier un grand nombre de cas pour repérer des caractéristiques communes liées à la réponse aux traitements. objectifs du projet le projet vise à construire une base de données des tumeurs du foie de l'enfant intégrant des informations multidisciplinaires pour faciliter la compréhension de la résistance aux traitements et identifier de nouveaux traitements. description des données et de leurs modalités de mutualisation, structuration et partage la base inclura les données de 300 enfants déjà traités pour des tumeurs du foie ayant différentes données déjà disponibles ou en cours d'obtention : 1) données cliniques et biologiques, 2) lames histologiques (tissu tumoral observé au microscope), 3) différentes données moléculaires de la tumeur telles que les mutations et la méthylation (marque épigénétique) de l'adn et 4) l'imagerie radiologique avant, après chimiothérapie. la base intègrera également les données de 2 types de modèles pour étudier la réponse à de potentiels traitements, des lignées cellulaires issues de tumeurs et des xénogreffes (greffe d'une tumeur humaine sur une souris). nous nous appuierons sur la structure d'une base de données déjà utilisée pour des tumeurs du foie adulte, et la base sera enrichie pour permettre la traçabilité des échantillons ou la comparaison des données entre les différents patients. la base pourra inclure de nouveaux patients et faciliter leur suivi par les médecins de différentes spécialités. résultats attendus l'intégration de toutes ces données multidisciplinaires doit nous permettre d'identifier des marqueurs prédictifs de la résistance à la chimiothérapie (facteurs cliniques, biologiques, histologiques, moléculaires ou encore d'imagerie). pour identifier les causes et les conséquences de ces caractéristiques associées à la résistance, nous utiliserons des lignées cellulaires tumorales et des xénogreffes afin d'identifier de nouveaux traitements pour contourner ces résistances.

medical and scientific background most of pediatric liver neoplasms are malignant: hepatoblastomas (hb), hepatocellular carcinomas (hcc), fibrolamellar carcinomas (flc), and transitional liver cell tumors (tlct). it includes also benign neoplasms: hepatocellular adenomas (hca), focal nodular hyperplasia (fnh) and tumors with undefined potential of malignant transformation. project objectives and brief description of the methods which will be used to achieve them we aim to construct an integrated multidisciplinary database of pediatric hepatocellular tumors to better understand their resistance to treatment and identify new drugs and therapeutic targets. description of the data and their methods of pooling, structuring and sharing to this purpose, we will include retrospective data from 300 patients treated for hepatoblastomas, hcc, flc or adenomas for which are available: (1) all clinical and biological data (hepatobio, siopel databases), (2) all histological slides- virtual slides will be included (crc-u1138- hepatobio), (3) all molecular data while counting those that are ongoing (crc-u1138 inserm-université de paris- inserm-université de bordeaux u1035, xentech evry) including whole exome sequencing, whole genome sequencing, targeted next generation resequencing, reduced representation bisulfite sequencing, multiplex ligation-dependent probe amplification, microrna sequencing, reverse phase protein array, (4) radiology imaging at diagnosis and before surgery which has been collected (hepatobio), (5) established cell lines or pdx with response to drugs (crc-u1138, xentech). we will use similar database structure already used for an integrated database constructed at crc-u1138 for adult liver tumors thanks to a co-development with ecbi. several modules will be adapted and implemented in the pelican.resist database: sample follow-up- clinical and biological follow-up- response to drug in cell lines- virtual histological slides with consensus reviewing- catalog of somatic mutations, chromosome rearrangements, transcriptomic profile, mutational signatures following a tcga and cosmic formats. module for radiology imaging remained to be developed according to the hospital sharing data policy. the database is organized to include new patients’ analyses and to manage multidisciplinary committee to follow the patients. expected results using an integrated analysis of all the data, we aim to identify clinical, biological, histological molecular, imaging factors related to chemotherapy resistance. causes and consequences of these characteristics will be tested in cell lines and xenograft tumors to search for therapeutic targets and identify new efficient therapies for tumors that are refractory to conventional treatments.